Existem 3 cenários possíveis quando você paga a fatura de um cartão que tem débito automático ativado: 

1. Boleto pago antes da data de vencimento da fatura 

Como o débito automático é feito apenas na data de vencimento da fatura, o sistema identifica que o pagamento foi feito antecipadamente. Neste caso, o débito automático não é feito. 

2. Boleto pago na data de vencimento da fatura, contendo saldo suficiente em conta 

Por outro lado, se você fizer o pagamento do boleto na data de vencimento da fatura e o valor devido estiver disponível no saldo de sua conta, ele será pago em duplicidade. Isso porque o débito automático acontece na data de vencimento. Quando isso acontece, o valor adicional é convertido em créditos para a próxima fatura. 

3. Boleto pago na data de vencimento, mas sem saldo suficiente em conta 

Já se você pagar o boleto na data de vencimento, mas o saldo de sua conta for menor que o valor total da fatura, o débito automático não é feito. E fique tranquilo, pois seu boleto será compensado.